Marco Mencoboni a terminé ses études d'orgue et de composition en 1985 au Conservatoire de Bologne, où il a étudié dans la classe d’Umberto Pineschi. En 1984, il est admis au Sweelinck Conservatorium d’Amsterdam pour étudier le clavecin dans la classe de Ton Koopman. En 1987, il entre dans la classe de Gustav Leonhardt, avec lequel il termine ses études en 1990 et auprès duquel apprend l'art de l'instrument. Parallèlement, en 1988, il a été élève de Jesper Christensen pour la basse continue et la musique de chambre à la Schola Cantorum de Bâle. En 1997, il a obtenu son diplôme de clavecin au Conservatoire de Pesaro avec les meilleures notes. En 2009, il s'est perfectionné auprès du Maestro Diego Fratelli au Conservatoire de Lecce, où il a obtenu son diplôme en vocalité de la Renaissance avec mention spéciale. Il donne des concerts en tant que soliste et chef d'orchestre de son ensemble Cantar Lontano dans les festivals internationaux les plus importants et est très attentif à la diffusion de la musique sur le web, notamment grâce aux techniques multimédias qu'il a exploitées pour le projet „Early music tutorials“ réalisé pour le Festival de musique ancienne d’Utrecht. Il a créé et dirigé le Festival Cantar Lontano dans la région des Marches pendant de nombreuses années, il a enseigné de 2012 à 2019 à l'Accademia Rossiniana Alberto Zedda à Pesaro et de 2017 à 2024 il a été directeur et professeur du Monteverdi Project pour le Manoel Theatre à Malte. Il a fait ses débuts à l'opéra en 2020 en dirigeant l'Otello de Gioachino Rossini. Son dernier grand projet est consacré à la redécouverte du compositeur de l'école napolitaine Girolamo Abos. Il enseigne le clavecin et les claviers historiques au Conservatoire de musique Licinio Refice de Frosinone.