Emmanuel Pahud rejoint à 22 ans l’Orchestre Philharmonique de Berlin en tant que flûte solo, poste qu’il occupe toujours aujourd’hui. Invité de festivals ou d’orchestres prestigieux, il collabore avec des chefs d’orchestre tels que Pietro Antonini, Daniel Barenboim, Pierre Boulez, Iván Fischer, Valery Gergiev, John Eliot Gardiner, Daniel Harding, Paavo Järvi, Yannick Nézét-Séguin, Trevor Pinnock, Simon Rattle ou encore David Zinman. En 1993, il fonde le Festival de Salon-de-Provence avec Eric Le Sage et Paul Meyer et donne des concerts de musique de chambre avec Les Vents Français. Emmanuel Pahud élargit le répertoire de flûte en suscitant de nouvelles œuvres commandées à des compositeurs comme Elliott Carter, Toshio Hosokawa, Michaël Jarrell, Philippe Manoury, Matthias Pintscher, Christian Rivet, Luca Francesconi ou Erkki-Sven Tüür. Emmanuel Pahud enregistre exclusivement pour Warner Classics.